התרחשויות העלילה מתחילות בגנואה בשנת 1339. לאחר הפרולוג ממשיכה העלילה עשרים וחמש שנים מאוחר יותר.
בוקנגרה, שודד-ים ופלבאי, ניהל פרשת-אהבים עם מריה פייסקו, בתו של האציל. מתוך מערכת יחסים זו נולדה לזוג ילדה, שנמסרת למטפלת המתגוררת על חוף ימה של פיזה. אביה של מריה, פייסקו, סבור כי בתו פותתה בידי בוקנגרה והוא כולא אותה בארמונו. כאשר מתה האישה הזקנה שטיפלה בילדה, נודדת הילדה בין הכפרים ונעלמת.
פרולוג
פאולו ופייטרו מסכמים ביניהם לתמוך בבוקנגרה כמועמד העם לתפקיד הדוג'ה (שליט העיר). בוקנגרה ניאות לקבל את התפקיד רק כאשר פאולו מציין כי כדוג'ה יהיה בידיו לחבור לאהובתו הכלואה מריה. פאולו ופייטרו משדלים את בני העיר לתמוך בבוקנגרה, דרך זריעת פחד בבני גנואה באמצעות סיפור כליאתה של מריה על-ידי אביה.
אלא שבינתיים מריה מתה ופייסקו נוטש את ארמונו, תוך שהוא נושא דברי תוכחה כלפי בתו, והאיש שפיתה אותה - בוקנגרה, וכן מאשים את עצמו בחוסר יכולתו להגן על בתו. בוקנגרה ופייסקו מתעמתים: בוקנגרה מרום תמיכת העם, מתחנן בפני פייסקו שיאות להתפייס עימו ויתן לו את ברכתו. פייסקו אינו מתפייס ואינו מגלה את דבר מותה של מריה. תחת זאת הוא תובע כי התנאי היחיד להשכנת שלום ביניהם הוא השבת נכדתו – בתם המשותפת של בוקנגרה ומריה.
כאשר מספר לו בוקנגרה כי הילדה נעלמה, נוטש אותו פייסקו שעומד בסירובו להתפייס ללא מילוי התנאי שהציב. בסתר צופה פייסקו בבוקנגרה שנכנס לארמון כדי לחפש אחר אהובתו, אך מוצא אותה ללא רוח חיים.
ברגע זה של יגון עמוק, נשמעות צהלות העם על בחירתו של בוקנגרה כדוג'ה, אך עבור בוקנגרה זהו רגע של אסון. פייסקו מחליט להיעלם ולתכנן את נקמתו הסודית בבוקנגרה.
במהלך עשרים וחמש השנים הבאות…
מריה (בתו של בוקנגרה) נאספת כיתומה למנזר בפיזה. כאשר מתה אמליה גרימלדי (היורשת הצעירה החוקית של משפחת גרימלדי הפטריקית), מאמצת משפחת גרימלדי את מריה ומגדלת אותה כאמליה, מאחר וללא יורש היה רכושם עובר ליריבם הדוג'ה הפלבאי - בוקנגרה. פייסקו נחשב כמת, אך למעשה חי תחת שם בדוי כאנדראה עם משפחת גרימלדי. הוא משמש כאפוטרופוס של אמליה, למרות שאינו יודע כי זו היא בעצם נכדתו הבלתי-חוקית האבודה.
מערכה ראשונה
חוף הים ליד ארמונו של גרימלדי שמחוץ לגנואה, 25 שנה לאחר הפרולוג
אמליה (מריה) ממתינה לאהובה, האציל גבריאלה אדורנו. היא נזכרת באישה הצנועה שטיפלה בה, ולמרות ההוד וההדר של ארמון גרימלדי, היא נשבעת לנצור לעד בזיכורנה את זיכרה של אישה זו.
אמליה צופה מהצד במזימות הפוליטיות בהן מעורבים אנדראה ואהובה גבריאלה, מזהירה את גבריאלה מפני חוסר התועלת שבהתנגדות לכוחות השולטים בגנואה ומעודדת אותו לשים את יהבו באהבה, ולא בתככים מדיניים.
פייטרו מודיע כי הדוג'ה מגיע לביקור פתע אצל אמליה. היא יודעת מיד כי מטרת ביקורו היא לדרוש שתינשא לפאולו, האיש האהוב על הדוג'ה וזה שהכתיר אותו לשליט בגנואה, אשר עוקב אחריה זה מכבר. היא מאיצה בגבריאלה לקבל מאנדראה את ברכתו המיידית לנישואיהם.
אנדראה (פייסקו) מגלה לגבריאלה כי למעשה אמליה איננה בת גרימלדי, אך כאשר גבריאלה מצהיר שיאהב אותה גם אם היא יתומה, שמח אנדראה לתת את ברכתו. אנדראה משביע את גבריאלה לשאת את אמליה ולשמור על ברית פוליטית עמו.
כחסד לאמליה, מעניק בוקנגרה חנינה לאחים גרימלדי שניסו לקשור קשר נגדו. בוקנגרה מבקש כי תנשא לבן בריתו, פאולו. אמליה, החשה כי היא יכולה לבטוח בו, מגלה לבוקנגרה כי היא מאוהבת באדם אחר, ומתוודה בפניו כי היא אינה בת חוקית למשפחת גרימלדי. בעודה מתארת את ילדותה והמאורעות שהובילוה למנזר בפיזה, גוברת התקווה בליבו של בוקנגרה כי אכן מצא את בתו האבודה. הם מחליפים את דיוקנה של מריה פייסקו, שהם נושאים ברשותם, והם מגלים כי הדיוקנאות הם זהים.
היריבות בין הדוג'ה לפטריקים אינה מאפשרת גילוי סוד זה, אך בוקנגרה ממהר לדחות את תקוותיו של פאולו להינשא לבתו, אמליה. בכעס רב על כפיות הטובה של בוקנגרה, מצווה פאולו על פייטרו לחטוף את אמליה ולקחת אותה לביתו של לורנצינו, אחד מקושרי הקשר הפטריקי, דבר העלול לסבך את הפטריקים אם יוודע דבר המזימה.
סצנה שנייה
חדר המועצה בארמון הדוג'ה
הדוג'ה קורא מכתב מן הפטריארך, המאיץ בגנואה ובוונציה להשכין שלום ביניהם. בעוד היועצים דוחים בקשה זו נשמעים קולות מהומה בעם. מסתבר שהעם עצר את גבריאלה ואנדראה בעוון רצח לורנצינו, אשר מוביל לקטטות אלימות בין היועצים הפלבאיים והפטריקים. בוקנגרה מצליח להשקיט את הסערה תוך שהוא מזמין את נציגי שתי קבוצות העם לחדרו כדי לפרוס את טענותיהם. הוא מתחקר את גבריאלה, אשר מגלה לו כי לורנצינו, בעת שגסס, סיפר כי נצטווה על-ידי "איש בעל השפעה", לקחת חלק בחטיפתה של אמליה. גבריאלה חושב כי זהו בוקנגרה, אך כאשר הוא מנסה לתקוף את הדוג'ה, מתערבת אמליה בעצמה. כשהיא נושאת נאום מרשים כעדה, היא מגלה כי השתמשה בידע שלה על מזימות הפטריקים נגד שלטון הדוג'ה, כדי להכריח את לורנצינו לשחררה, וכי האשם אינו בבוקנגרה או בגבריאלה. לפני שהיא מצליחה לומר את שם האדם, פורצות שוב מחלוקות אשר מיושבות רק לאחר שבוקנגרה מתחנן לשלום-בית ופיוס. כאשר נרגע לבסוף ההמון, עוצר בוקנגרה את פייסקו וגבריאלה ותך שהוא מצווה על פאולו לקלל את האיש האשם. פאולו נאלץ לקלל את עצמו.
מערכה שנייה
לשכתו של הדוג'ה
פאולו שולח את פייטרו להביא אליו את פייסקו וגבריאלה העצורים בכלא. הוא מתכנן לשכנע אחד מהם לרצוח את הדוג'ה, אך ליתר בטחון גם מכניס רעל (העושה פעולתו לאט) לתוך מי-השתייה של הדוג'ה, המונחים תמיד על שולחנו. פייסקו מסרב להגות רעיון כה נבזי כרצח הדוצ'ה, אך פאולו מצליח לשחק ברגשותיו של גבריאלה, תוך שהוא טוען כי אמליה מוחזקת בארמון כפילגשו של בוקנגרה. כאשר גבריאלה מגלה כי אמליה נמצאת בחדרו של הדוג'ה מתאמתים חששותיו הנוראיים ביותר. אך אמליה חשה כי אינה יכולה להסתכן ולגלות לבוקנגרה שהוא אביה. כאשר הדוג'ה מתקרב אליה, מתחבא בחדר גבריאלה, הזומם עדיין לרצוח את הדוצ'ה.
אמליה מספרת לדוג'ה כי היא מאוהבת בגבריאלה אדורנו. הוא מראה לה כי שמה בראש רשימת הזוממים להורגו. היא מתחננת לרחמיו ולסליחתו, ובוקנגרה ניאות לבסוף לסלוח לה. כשהוא נשאר לבדו, הוא שותה מן המים, על-אף שהוא מבחין בטעמם המר. נראה לו כי כל העולם הפך מר, ותחת השפעת הרעל, הוא נרדם.
אמליה מונעת מגבריאלה לרצוח את הדוג'ה הישן, אשר מתעורר ומגלה את היותה של אמליה, בתו. גבריאלה מתחנן שיחוס עליו, ובעוד המזימה הפטריקית הופכת למרד גלוי ברחובות, הוא נשבע להלחם עבור מטרתו של הדוג'ה ובתמורה מבטיח לו בוקנגרה את ידה של אמליה.
מערכה שלישית
בתוך ארמון הדוג'ה
המרד מסתיים בניצחונו של בוקנגרה. עם חנינתו, פוגש פייסקו את פאולו העומד בפני הוצאתו להורג. פאולו מגלה לו כי הרעיל את בוקנגרה, ובעוד הם שומעים את שיר החתונה של אמליה וגבריאלה מובל פאולו אל מותו. פייסקו המום מכך שעל אויבו למות בצורה זו, אך הוא יודע כי הגיעה השעה לעימות הסופי ביניהם.
בוקנגרה נתון להשפעת הרעל, ומייחל לרוח צוננת מן הים. פייסקו מתגלה בפניו בדמות רוח-רפאים שתרדוף אותו לעד, אך בוקנגרה מאושר מכך שלבסוף יוכל למלא אחר תנאי ההתפייסות של פייסקו: בוקנגרה מגלה כי אמליה היא בעצם נכדתו של פייסקו. האיש הזקן מתמלא בצער על כך שהאמת והפתרון הגיעו לחייהם כה מאוחר. אמליה וגבריאלה משלימים עם פייסקו, אשר, על-פי הוראותיו האחרונות של בוקנגרה הגוסס, מכריז על גבריאלה אדורנו כדוג'ה החדש של גנואה.
